SublimeLinter 的jshint是支持 .jshintrc 的，你在工程文件夹下放个 .jshintrc 文件，填入你需要的设置(参见 JsHint文档 )就可以了，SublimeLinter会递归搜索至底层目录查找这个文件。使用 .jshintrc 的好处是不需要配置SublimeLinter设置。
FYI: SublimeText2还有个插件，是只检查语法错误的： JS Validation using Esprima 。