本人在windows下首先把程序打成jar包(带外部第三方jar包)，然后把jar包和lib（存放第三方jar包的文件夹) 转存到linux下。 Windows下运行正常，Linux运行的时候报NoClassDefFoundError。

以下是我打jar包时用的MANIFEST.MF文件

 Manifest-Version: 1.0
Main-Class: com.chenyulin.astSimilarityCalculation/Main
Class-Path: lib\org.eclipse.cdt.core_4.0.3.200802251018.jar lib\org.eclipse.equinox.common_3.6.0.v20110523.jar

java环境变量配置如下

 export JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.7.0
export CLASS_PATH=.:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/jre/lib
export CATALINA_HOME=/usr/local/tomcat7037
export PATH=/home/mysql5/bin:$JAVA_HOME/bin:$PATH
export PATH=$PATH:/usr/local/svn/bin