首先，弹出层或者对话框，最好能够复用，如果这个dom的结构不是很复杂，使用频度比较高，完全可以先隐藏，等下次使用时直接显示，替换内容即可。
其次，这不是jQuery的效率高低，而是createElement和innerHTML的效率问题。

建议采用innerHTML方式，效率比createElement要高(当然innerHTML的时候不要用字符串拼接，采用Array的join方法)

附上jQuery新建元素的两种方式：
1、采用DOM方式：

  $("<div/>").css("border","solid 1px #FFOOOO").html("动态创建的div").appendTo(testDiv);
 

2、用innerHTML方式创建：

  $("<div style='border:solid 1px #FFOOOO'>动态创建的div</div>").appendTo(testDiv);
 

看别人的总结
其实效率也在于编写的代码，在知道可用的API的效率后，怎么编写代码也是非常重要的，否则应由的执行效率不能体现出来。