用CGI调用Shell也确实是能达到PHP发送邮件的功能，邮件传输本身是一种协议，只要遵循了协议就能通信。但是普遍的邮件代理都会对广告邮件做一个处理，例如去查发送地址与用户名是否一直，域名是否常见，最重要的是会能看到这个域名对应的MX记录。否则，你的邮件会被大多数拦截为广告邮件或者更严重的会造成退信的情况，至于你说的使用mail命令来发邮件，实质是使用sendmail来发送的，也算一种老的邮件客户端，并非你说的直接使用mail命令来发送，你可以尝试卸载掉sendmail会发现mail报错

不是的，好像那个是PHP的mail 函数吧，且本地也不一定需要邮件服务器，我以前都是改配置文件，让mail直接去连gmail 的，只是要把用户名和密码写在配置文件里。
内建的mail函数用起来很简单，但是前提是php.ini里面要配置默认的邮件服务器。

 <?php
// The message
$message = "Line 1\r\nLine 2\r\nLine 3";

// In case any of our lines are larger than 70 characters, we should use wordwrap()
$message = wordwrap($message, 70, "\r\n");

// Send
mail('[email protected]', 'My Subject', $message);
?>

详见： http://php.net/manual/en/function.mail.php

好像还可以直接在程序里用SMTP类自己初始化实例去连服务器，当然这个服务器可以是本地的25，也可以是外面的。

 $smtpserver = "smtp.126.com";//SMTP服务器
$smtpserverport =25;//SMTP服务器端口
$smtpusermail = "[email protected]";//SMTP服务器的用户邮箱
$smtpemailto = $tempsendmail;//发送给谁
$smtpuser = "[email protected]";//SMTP服务器的用户帐号
$smtppass = "******";//SMTP服务器的用户密码
$mailsubject = "取回密码";//邮件主题
$mailbody = $username."您好!";//邮件内容
$mailtype = "HTML";//邮件格式（HTML/TXT）,TXT为文本邮件

$smtp = new smtp($smtpserver,$smtpserverport,true,$smtpuser,$smtppass);//这里面的一个true是表示使用身份验证,否则不使用身份验证.
//$smtp->debug = TRUE;//是否显示发送的调试信息
$send=$smtp->sendmail($smtpemailto, $smtpusermail, $mailsubject, $mailbody, $mailtype);

不是所有服务器都让php执行shell命令的

简单的邮件，例如服务器报警什么的确实可以这么发。
但是并不是每台服务器都装了sendmail，另外为了通过反垃圾软件，可能需要将邮箱地址加入各种白名单。
目前就知道这么多，没有深入研究过。