首先是一些非技术的建议:

1. 在访问量少的时候更新, 例如半夜
2. 如果打算离线更新, 提前告知你的用户将在什么时间有一个维护

技术性的建议:

1. 首先重要的是server不要有状态, 否则你必须要考虑状态的持久化与恢复
2. 如果可以离线更新, 可以选择web服务器将流量导向一个静态页面, 然后更新应用.
3. 如果不能离线更新, 将应用备份并使web服务器讲流量导向备份, 然后更新应用, 再将流量导回来

另外你这里说其中的"用户数据"大抵是不一样的我并没有明白你的point, 如果你的意思是开发服务器上测试没问题,但是因为数据和生产服务器上不同, 所以可能代码在生产服务器上不可用, 这种情况如果生产环境数据库并不是很大, 可以考虑再dump到开发环境用于测试.