今天无意中想到了问题所在：
在Main中的侦听事件为：

  if (loaderInfo.hasOwnProperty("uncaughtErrorEvents")) {
  

  loaderInfo["uncaughtErrorEvents"].addEventListener("uncaughtError", uncaughtErrorHandler);
  

  }
 

这里的 loaderInfo == root.loaderInfo 。而采用 [Frame(factoryClass="PreLoader")] 后，文档类实际上变成了 PreLoader ，因此，侦听 uncaughtErrorEvents ，需要用 PreLoader.loaderInfo ，再查看了 PreLoader 中初始化 Main 类的代码：

  stage.addChild(new (getDefinitionByName("Main") as Class));
 

这句话将Main添加到Stage中，导致 Main.root==stage 了，因此捕获错误失败。
只需要修改这句为 this.addChild(new (getDefinitionByName("Main") as Class)); 即可。