一般的流程是你先将远程A分支pull下来，在本地解决了冲突之后，再往远程A分支提交。这样就不会发生你说的情况。

当你的sourcetree合并代码冲突的时候，你是不能提交代码的。
这时sourcetree会显示合并冲突，打开你冲突的文件，会发现里面多了类似这样的东西。
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这里面有你以前的代码和你拉下来的代码，核对以下，然后删除你不要的就可以了。
手头没有现成的合并冲突的例子就不截图了。