1. 可以参看国标，操作系统的安全级别，公共服务器的话，至少应该做到安全四级的标准，能够有三权分立的功能
2. 开源linux都有selinux模块，最好采用Enforcing模式，并且配置mls
3. 部署应用使用容器（lxc或者docker）
4. 懒得配置可以使用公有云

1. 最小权限（详细划分每个目录应该有的权限）
2. 最少服务（没必要的服务不要安装）
3. 最少暴露（没必要的端口一律关闭）
4. 应用分割（每个WEB网站使用不同的用户限定在网站目录下运行）
5. 可运行文件目录改动监控
6. 安全补丁及时修补

暂时想到这么多

代码要有版本控制，不然被改了你都不知道。
装软件要用包管理器，不然被改了你都不知道。
真要是不知道哪被改了，就重装系统吧。