不知道nginx的mod_concat模块对你这个有没有帮助。

mod_concat模块由淘宝开发，目前已经包含在tengine中，并且淘宝已经在使用这个nginx模块。不过塔暂时没有包含在nginx中。这个模块类似于apache中的modconcat。如果需要使用它，需要使用两个"?"问号.
来个范例：
http://example.com/??style1.css,style2.css,foo/style3.css
以上将原先3个请求合并为1个请求
如果你担心文件被用户的浏览器缓存而没有及时更新，你依旧可以带上一个版本号的参数，如下：
http://example.com/??style1.css,style2.css,foo/style3.css?v=102234

参考链接：
http://www.ttlsa.com/nginx/nginx-modules-concat/

其实，我也写过模块加载的东东
https://github.com/donghanji/pm
就考虑过在模块管理里面实现对于js文件的合并处理，不过最近没什么时间来处理这个，所以有这个想法也一直没有实现。
模块管理是前端处理的，文件合并返回是服务器端合并了返回的，所以二者不会存在冲突。
我在处理模块管理的过程中，也提供了一个coms的设置的，可以将多个模块进行合并，但是这个在实际使用中没有多大的实际意义。
还有一点就是我的模块管理，pm框架和require,seajs的实现方式是不一样的，感兴趣的话可以了解一下。
打算抽个时间，将plugins,modules部分重新整理一下，还有就是处理移动端相关的也打算开源上去。