yum remove的话貌似已经把所有的依赖都删除了。
所以剩下的只有两部分：
缓存（cache）和日志（log）。
缓存当然用 yum clean all
日志是不会自动删除的，因为第一工作量太大，各种软件的日志目录都能自定义，没办法完全删除，
另一个就是因为日志记录了几乎所有的东西，错误，警告，硬件错误，访问记录等。

一般的服务器日志都不会删除，
（装了桌面的话，X.org.log除外）
甚至还有专门的日志切割软件logrotate来进行日志分割方便备份和查询。