建议用小企鹅输入法Fcitx，Linux版搜狗输入法就是基于Fcitx，可以认为是基于Fcitx的一个拼音输入法。
http://my.oschina.net/eechen/blog/224291
sudo apt-get install fcitx-pinyin
Alt+F2运行 im-config 设置Fcitx为默认输入法。
Alt+F2运行以下命令关闭iBus启动Fcitx:
killall ibus-daemon
fcitx -d
安装好重启应用才能用Ctrl+Space激活输入法,最好注销一下系统或者Ctrl+Alt+F1重启X(lightdm服务):
sudo service lightdm restart

不知道题主使用的是什么版本的Linux，如果是Ubuntu14.0及以上的，可以试试Linux下的搜狗，还是比较好用的。。其他Linux的发行版应该也有，不过没有试过。

建议安装 ibus-rime

这是全拼与双拼，是挺乱七八糟的，在设置里可以改，改完建议重启下ibus