结构
简单点说就是目录，是属于有路径可寻的。

架构
我个人认为应该属于抽象的范畴，属于概念性的，无路径可寻的。

data structure
数据结构

system architecture
系统架构

抠术语请用英文

项目(project)是一段时间内为了一个目标(比如发布)的工作总称，系统(system)是一系列硬件软件的组合，这个组合方式叫系统架构

项目一般有任务划分、计划、进度、依赖、风险等等

至于服务器，服务器是系统架构的组件，说服务器架构也是不准确的

跟uml类图和部署图相关的东西都应该叫架构。

应该是项目架构

就你的例子感觉叫 项目架构 和 服务器架构 比较合适。

在说 项目架构 的时候，你是想表达项目之间各个组成部分（component，组件等）的相互依赖关系，这是一种架构的表述，是一种高层次的抽象。假如你是想表达项目文件（比如源代码）的层次及存储结构关系，那么可以用项目结构。这儿看起来你是想表述前者。

在说 服务器架构 的时候，你是想表达服务器不同节点的职责分工与协作，比如有数据存储节点，有Web服务器角色，有缓存等，然后它们按照一定的拓扑关系来组成服务器的总体功能。这是对服务器的一种高层次的功能性的抽象表述。