原因是apk的version号判断出问题，我的情况是升级前后的apk的version相同，所以有以下改法：
在frameworks/base/services/java/com/android/server/pm/PackageManagerService.java中的scanPackageLI会判断系统原带apk和升级后apk的versionCode，改为pkg.mVersionCode <= ps.versionCode（原来为 < ）；这样子系统重启，apk就不会还原。