遇到了相同问题，请问解决了没？

应该是在thirdapk这个目录下的android.mk文件中，也要添加第三方应用so库的路径，这样编成的img里就会包含了

....这个是那个apk程序的问题吧，预装3方的程序需要对方在加载so的时候使用系统路径加载，也就是apk程序里这样：
System.Load(/system/lib/lib.so);
显然你继承的那个apk程序里这样做的：
System.Loadlibrary();//从data/data/packagename/lib目录下加载。