Intellij 你可以想象成是 Eclipse，是一个公用的IDE，可以通过插件扩展出成为很多别的语言的IDE，而 Web Storm 则像 Apatana或者 MyEclipse，就是基于 Intellij IDE，专门为 Web 开发做了很多定制，对于 Web 项目来讲，尤其是前端项目来讲，提供了很多的方便的工具和功能。

Intellij IDEA主要用来做Java开发，其号称是最好的Java IDE，有一些基本的web编辑功能
Webstorm主要是做Web开发的，在web开发功能上更齐全

webstorm有很多专属功能，比如node-js支持，jquery支持,less支持，jade支持==

选你所需，看看这些 IDE 的features。
另外可以参考下这个问题， http://stackoverflow.com/questions/13827214/can-intellij-idea-encapsul...

我平时使用IntelliJ，一般情况下装个plugin搞定。

IntelliJ IDEA和WebStorm均为JetBrains公司基于其自有的IntelliJ Platform开发的IDE产品。其强大之处在于高度的可扩展性，灵活的插件系统。

IntelliJ IDEA有免费的社区版（Community Edition），和收费的终极版（Ultimate Edition）。可以认为，Ultimate Edition是在Community Edition的基础上增加了很多的插件，包括了一些Community Edition无法通过合法手段获取的插件。这些插件包括了各种其他语言的开发支持。比如，可以在Ultimate Edition中安装若干Web开发方面的插件，然后完全替代WebStorm的功能。

所以，如果你的目标是Web开发，选取IntelliJ IDEA还是WebStorm取决于你的：
1、是否还要开发其他语言，如Java
2、资金，IntelliJ IDEA贵一些