根据从网上找的一些资料回答一下，
先来解释下flash的window模式，在window模式下，flashplayer会独立于浏览器核心显示窗口之上自己创建一个显示窗口句柄，这意味着flash影片存在是windows中的一个显示实例，这也让flash达到了最快最高效的渲染模式。由于它独立于浏览器html之外渲染，这就导致flash会遮住与它重合的html，即便是设置了z-index也是无效的。
解决办法，通过iframe来遮罩flash。
简要代码:

<div id="flash_part" style="position:relative; z-index:1; ">
<embed wmode="window" src="http://static.xxx.com//nav_jh.swf">
</div>
<iframe style="position:absolute; z-index:2; "></iframe>
<div id="layer_part" style="position:absolute; z-index:3; ">layer part</div>

实现方法是将flash设为最底层，将iframe通过绝对定位的方式设为中间层盖flash之上，让后再把div设为最上层盖到iframe层之上。
该方法测试IE,FF,Chrome通过，Safari无效 Opera未知。

效果：

解释为什么iframe能遮住flash:

ie5.5以前，iframe是一个windowed element，也就是说，它也在浏览器上有一个独立的窗口，类似于flash的window模式。在ie5.5之后的版本中iframe虽然被定性为了 windowless element但是似乎它的存在形式并没有完全等同于windowless的元素，某些浏览器对它的显示还是可以当windowed元素使用。