1. 先将B的代码拉下来，然后在本地合并代码。
2. 这时出现冲突，根据你的描述更改太多，就不要手工合并了，建议使用图形化的工具。
   Merge的图形化工具，Win下我一般用WinMerge，Linux下用Meld。
3. 合并完后，将更改的文件手动add，再commit就可以了。

可以参考我的这篇文章的第二部分： 问题驱动的Git学习 。

假定代码目录结构一样

 $ git format-patch <commmit-id> -w  # 在A中 <commit-id> 是你要生成patch的最前面的一个commit的parent的commit id，根据commit数量会生成多个patch,名字为[0-9]{4}(-.*)+\.patch的样子
$ cp *.patch <path-to-B>
$ cd <path-to-B>
$ git am xxx.patch --ignore-whitespace # 需要按顺序来，最后的参数比较重要，因为code style不规范的时候往往有trailing space，git默认对于有trailing space的patch会终止patch的过程

以上会将commit的message自动带入B中

假定目录结构不一样

 $ cd <path-to-A>
$ git diff <commit-id-start>..<commit-id-end> <file> -w --no-prefix > xxx.patch
$ cp xxx.patch <directory-of-file-in-B>
$ cd <directory-of-file-in-B>
$ patch -p0 < xxx.patch

这时需要手动进行commit

注1: patch命令的 -p参数是去掉多少层目录，事实上在目录结构一致的情况下，也可以用 patch -p1 < xxx.patch 来打patch，这样需要手动commmit
注2: 第二种情况冲突时会产生.orig（原文件）和.rej（冲突部分）
注3: 第二种情况也可以用git apply来打patch，但我没有用过