git merge 既不是取交集，也不是取并集，而是 文件更改历史重放所有的修改 。

比如这样的分支结构：

 A---B---C topic
     /
D---E---F---G master

然后执行：

 git checkout master
git merge topic

那么 merge 的时候就是做了以下事情：

• 首先找到它们共同的 commit E
• 开始在 master 分支上从 A 到 C 重放所有修改

如果 A 到 C 的过程中修改了 F 到 G 里面任何一个文件，那么就很可能会冲突，除非它们对同一个文件的修改完全一样。

回到题主的问题。如果 B 删除了文件 foo，而 A 里面并没有任何提交跟 foo 相关，那么 foo 就会被删除；如果 A 里面修改了 foo，那么合并就会冲突，git 仓库会进入 MERGE 状态。你可以通过 git status 来看到具体状态是怎样。

参考： https://www.kernel.org/pub/software/scm/git/docs/git-merge.html