找到了出问题的地方，在第一次给项目建立解决方案的时候，生成的.sln文件和项目文件本身不在同一个目录，项目文件放在了/github/workfolder下，而生成的.sln文件被默认生成到了/visual studio 2013/projects下，所以在用vs建立git的时候会提示部分文件不在目录中，后续更新的时候只给/projects目录建立了git，更新上去的文件只有.sln文件。后来我通过删除了/projects目录下的repository和解决方案，重新给/workfolder下的项目建立了解决方案并放在了一起，之后VS就直接自动识别了同目录下的git并能推送同步。总之问题就出在了容易被忽略的.sln文件。