提一些点吧，楼主的问题太广太模糊了。

• 代码规范，js和css业界大公司都有标准，google、豆瓣是怎么做的；
• 目录结构，js、img、swf、css（less/sass）怎么放；
• js标准库（jQuery？），基础扩展函数包如foreach
• 如果使用less、coffeescript等需要编译的前端框架，怎么实现一次保存，即时编译
• UI库（sprites、js的类，常见的，popup，tab，slider，tip等等）
• 版本管理，是用svn、hg还是git
• js、css压缩合并，YUI Compressor等
• 测试方案，测试环境：IE6、IE7~9、IE10、iOS、android、firefox、chrome
• wiki，环境怎么配，静态服务器宕机了怎么重启服务
• bug管理
• 缓存：前端资源的CDN分发
• 静态服务器规划：图片服务器，其他静态服务器
• 防止缓存：项目迭代过程中的缓存问题，如何保证用户的页面总是取到最新的静态文件
• 上线前的集成测试，测试服务器（需要一个sandbox来模拟吗）
• 开发工具
• 后端页面模板（JSP、PHP）的选取
• 安全，最常见的是XSS和CSRF

楼主真的想一次性解决这么多问题吗……我还是同意@JuoCode的说法，有些问题可以先搁置，到出现了产品之后，或者出现了性能瓶颈再说。

另外，推荐楼主读下这个问题额答案： http://segmentfault.com/q/1010000000308565