简而言之，应用程序域只存在于安全域内，并且只能属于唯一的一个安全域。但是一个安全域可以包含多个应用程序域。

安全域只允许相同域下的通讯，如果需要与其他安全域的swf文件通讯，需要通过信任授权，可以采用方法 Security.allowDomain 来设置。
而应用程序域可以包括任意子域，每个子域只能有一个父域，子域继承了父域的定义。
应用程序的根节点是系统域，系统域是唯一的，在安全域初始化的时候，相应的系统域也就被建立了。

详细介绍这里不多说，可以查看这两篇文章：
深入理解Flash Player的安全域（Security Domains）
深入理解Flash Player的应用程序域（Application Domains）