你问题中的截图，手工配置一个本地的NDK路径就可以（不需要依赖IDE的下载，再者IDE也经常升级，但SDK和NDK是不需要经常变的），方法很简单的：
1、到Android开发网下载一个最新的NDK包, 如果需要linux64bit的顺便把链接提供给你 https://dl.google.com/android/ndk/android-ndk-r10e-linux-x86_64.bin
2、解压：

 chmod +x android-ndk-r10e-linux-x86_64.bin && ./android-ndk-r10e-linux-x86_64.bin

把这个ndk的根目录填入你的截图标识的位置就可以了。
NDK的配置也可以在后续再做，比如已经有一个Android工程了，右键工程，点"Open Module Settings"也可以配置。

如何在AndroidStuio编写NDK（c/c++）代码和断点调试，参见这篇文章 http://blog.csdn.net/tomicyo/article/details/46848131

现在官方发布的AndroidStudio最新的版本是1.3.2，已经有上文说的native调试功能了，最好下载最新版。