第一个问题：
从错误信息看，是.so文件找不到，load失败，还没到jni调用那一步。所以，确保你的.so文件已经放在libs目录下，并编译进了apk。你可以用压缩软件打开apk文件，看看里面是不是已经包含了.so文件。
把apk改名为zip打开也可以，不改直接unzip它或用图形压缩软件打开也可以，看里面的libs里有没有你说的libeigen.so。

另外，你的出错信息中说：

Couldn't load test from loader

貌似是Load一个叫libtest.so的库，而不是你说的eigen，请检查一下java中是不是这样的：

static {

 System.loadLibrary("eigen");
}

这才是指定要加载libeigen.so，如果这个文件也在apk/libs下，应该是没问题的。

第二个问题：
使用Android studio的话，你直接把libxxxx.so放入jniLibs/armxxxxx/下就可以了，编译后就会自动帮你打包在apk里面，另外我看你app下有jni这个目录，应该是你自己创建的，这样在jni里执行了ndk-build后，会在app目录下产生两个临时文件夹libs和obj，这两个文件夹在Android Studio里面没用，因为Android studio不像eclipse那样把libs里的so打包到apk，而是默认使用了jniLibs目录。如果你非要让Android studio把app/libs的库打包到apk里，也是可以做到的，要自己编辑build.gradle文件来完成，怎么写build.gradle？这个已经超出本问题的范围了。

解决了，MD，困扰了一天一夜！！ @jk_v1 还有几个问题可以帮忙解决吗

我把so文件放在src/main/jinLibs 里面了，找了好多网页，尽然可以用！！！

还有就是那么libs文件，我都搞混了，
红色是自己生成的，蓝色是ndk-build生成的，黄色是最后加的，到底什么和什么关系啊